Johann Voithofer studierte zunächst am Mozarteum in Salzburg und wechselte dann an die Hochschule der Künste Berlin zu Prof. Johann Doms, bei dem er zugleich an der Karajan-Akademie Unterricht erhielt.
Von 1981 bis 1984 war er Solo-Posaunist im Beethoven Orchester Bonn und von 1985 bis 1999 Solo-Posaunist im Gürzenich-Orchester Köln. Seit dem Jahr 2000 ist Johann Voithofer Solo-Posaunist bei den Bamberger Symphonikern, von 2001 - 2010 spielte er zudem als Basstrompeter im Orchester der Bayreuther Festspiele.