Markus Mester wurde in Troisdorf bei Köln geboren. Er studierte an den Hochschulen für Musik in Köln und Düsseldorf sowie an der Guildhall School of Music & Drama in London. Von 1988 bis 1992 war er Solo-Trompeter im European Community Youth Orchestra unter Claudio Abbado. 1992 war er Student der Herbert von Karajan-Stiftung in Berlin.
Als Solist musizierte er unter anderem mit den Bamberger Symphonikern, dem hr-Sinfonieorchester Frankfurt sowie dem Philharmonischen Orchester Hagen. Außerdem spielte er bei den Berliner Philharmonikern, beim NDR Sinfonieorchester Hamburg, bei den Symphonieorchestern des Bayerischen Rundfunks in München und des WDR in Köln, beim Gewandhausorchester Leipzig und bei den Münchner Philharmonikern.
Er arbeitete mit den Blechbläserensembles hr-Brass, German Brass und war Mitbegründer von Bach, Blech & Blues sowie des Blechbläserquintetts der Bamberger Symphoniker. Regelmäßig hält er Meisterkurse an Musikhochschulen im In- und Ausland. Von 1996 bis 2018 war er 1. Trompeter im Orchester der Bayreuther Festspiele. Seit 1992 ist Markus Mester Solo-Trompeter der Bamberger Symphoniker.